L'équipe de l'Astraeus est de retour sur Terre. Mais, alors que ce voyage leur semble avoir duré seulement quelques jours, quatre années se sont en réalité écoulées. La ville d'Eureka est désormais sous le contrôle d'intelligences artificielles. Henry, tenu pour responsable de l'échec de la mission, n'est plus maire. De son côté, Jack a élevé les enfants d'Alison et fréquente Jo. A nouveau réunis, Jack, Henry et Allison tentent de renverser le régime répressif instauré par les robots...