Gibbs dopo aver risolto alcuni casi autonomamente ritorna a capo del team. Il filo conduttore della stagione è legato a Tony, che inizia una relazione seria con Jeanne, una giovane dottoressa. Nel frattempo, per richiesta del direttore Shepard, Tony inizia ad indagare sul trafficante di armi francese René Benoit, conosciuto anche come La Grenouille. Nell'ultimo episodio della stagione si scopre che Jeanne è la figlia del trafficante e che la relazione di Tony era solo una copertura per avvicinarsi a lui.